微波食品杀菌机在食品生产中，最难控制的一个问题就是微生物二次污染问题。用高温加热或微波杀菌，可有效杀灭食品中的细菌等微生物；但许多经高温处理的糕点等食品在出厂后不久，仍出现了微生物超标、发霉变质的问题。徐俊龙先生认为，发生这种问题的主要原因是在冷却和包装环节，食品被空气中的微生物二次污染。因为，原料被加工为半成品时，经过了高温或微波杀菌，腐败性微生物等基本被杀灭。但许多经高温处理的食品在冷却和包装环节，还是与车间内的空气直接接触；如果车间空气中含较多的微生物，则这些微生物会附着在食品表面，再次污染食品，将导致食品在日后的贮藏过程中变质。
食品菌落总数超标、产品保质期内霉变等安全质量问题，经常困扰中小食品企业。为保障食品质量、提高市场竞争力，中小食品企业可采用动态空气消毒设备；这种动态消毒设备在在工人上班时开机、过程中持续杀菌不允许关机，工人下班后同步关机。让食品加工环境消毒由臭氧、紫外线及药物喷洒等静态杀菌时代走向NICOLER动态杀菌时代，在食品行业有着广阔的市场发展空间。 目前已经开发出对蛋粉，蛋黄粉，瓜子仁等食品灭菌机。
