反渗透系统在正常运行一段时间后，反渗透膜会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中最常见的为碳酸钙垢、硫酸钙垢、金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。污染物的性质及污染速度与给水条件有关，污染是慢慢发展的，如果不早期采取措施，污染将会在相对短的时间内损坏膜元件的性能。
1、污染物的去除
污染物的去除可通过RO反渗透膜化学清洗和物理冲洗来实现，有时亦可通过改变运行条件来实现，作为一般的原则，当下列情形之一发生时应进行RO反渗透膜化学清洗。
1.1 在正常压力下如产品水流量降至正常值的 10 ～ 15% 。
1.2 为了维持正常的产品水流量，经温度校正后的给水压力增加了 10 ～ 15% 。
1.3 产品水质降低 10 ～ 15% 。盐透过率增加 10 ～ 15% 。
1.4 使用压力增加 10 ～ 15%
1.5 RO 各段间的压差增加明显 ( 也许没有仪表来监测这一迹象 ) 。
2、常见污染物及RO反渗透膜化学清洗方法：
在阻垢剂添加系统出现故障时或加酸系统出现而导致给水 PH 升高，那么碳酸钙就有可能沉积出来，应尽早发现碳酸钙垢沉淀的发生，以防止生长的晶体对膜表面产生损伤，如早期发现碳酸钙垢，可以用降低给水PH值至3.0 ～ 5.0之间运行 1 ～ 2 小时的方法去除。
注：应确保任何清洗液的 PH值不要低于 2.0 ，盃则可能会 RO 膜元件造成损害，特别是在温度较高时更应注意，最高的 PH 不应高于 11.0 。
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