从学理上分析，不难得出社会稳定风险评估的主体不宜是制定重大决策的部门和承办重大建设项目的单位，而应当交给具有相对独立性的第三方来做。同一个部门既负责重大政策决策的出台又负责评估和判定这一政策是否会影响社会稳定，或是同一个单位既负责承办建设项目又负责评估和判定这一建设项目是否会影响社会稳定，可以预期的是，后风险评估的结果往往是肯定而非否定该政策决策和该建设项目。这样的风险评估就成了“做形式”、“走程序”，甚至出现控制论中所说的“正反馈”，即评估方输出的反馈信息进一步强化了决策方的指令信息，决策方和评估方同方向地施力，导致无法提前预知、甚至有可能强化政策决策和建设项目所带来的重大社会稳定风险。
遗憾的是，目前的先行试点往往借助强大的传统惯性，指定或允许重大决策拟定部门成为开展重大决策社会稳定风险评估的承办单位，指定或允许项目建设单位及其行政主管部门负责指导、协调、预审项目的社会稳定风险评估;如果兼有决策和评估职能的部门和单位认为有必要的，可商请维稳、信访部门参与，而不是强制性地要求维稳、信访部门一定得参与。当然有的先行试点也规定了“可委托社会中介机构开展重点建设项目社会稳定风险评估”，“可委托中介机构在项目可行性研究报告评估时一并对社会稳定风险进行评价，也可委托中介机构单独对社会稳定风险进行评价”，如此的“可委托”、“也可委托”显然不具有强制性，没有什么约束力。
目前许多事业单位及其主管部门都受到“政事不分”的质疑和要求“管办分离”的压力，中共十七大报告也明确要求医院“管办分离”，并体现出以此为“突破口”普遍实施事业单位“管办分离”的决心。当然，通过深化事业单位体制改革来彻底改变这一状况，需要一定的时日。鉴于这样的教训，现在试点和推进重大政策决策和建设项目的社会稳定风险评估时，就应强调并坚持进行风险评估的主体的独立性和超脱性，从一开始就贯彻“管办分离”，避免制造新的“政事不分”、以后再增加“管办分离”的麻烦。
