1.em菌是有光合菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌等80多种有益菌复合成的活性微生物菌，丰富的光合菌可以提高植物的光合作用，合成抗氧化物质、氨基酸、糖类和各种生理活性物质来促进植物的生长。
2.em菌中含有大量的有益菌群，可以补充土壤中的有益微生物菌，改善土壤环境，抑制有害微生物，促进形成再生机制，溶解磷、钾、固氮，使能量立体化汇集，并改善土壤的酸、碱、粘、沙和易涝、易旱等不良性质，促进团粒化，提高土壤的保水和透气性能。
3.em菌分泌与合成的物质如各种有机酸、氨基酸、酶、活性激素、抗氧化酵素等，可直接促进植物生长，还能分解残留的农药，使土壤还原于抗氧化状态，充分发挥农作物在良性状态中惊人的生长能力。
4.em菌中功能微生物菌的分解，可以是有机肥料中的植物营养元素提高，促进根系的吸收，提高肥料的利用率，避免土壤板结，盐碱化。分解中的抗氧化物质可以使农家有机肥料不臭，不烧苗。
em菌在种植上应用的作用表现：
1.改良土壤 预防病害：
em菌中有益微生物菌的不断扩繁，细菌间相互吞噬作用，抑制有害微生物的生存繁殖，消除病虫害传播，实验表明：与化肥相比，EM菌液＋猪粪使土壤中速效钾提高5％，速效磷提高31.2％，全氮提高15.5％，而且土壤越种越肥沃，有益小动物（蚯蚓等）倍增，渗水、保水、透气能力增强，促进团粒化。
2.保树留根 预防老树病害：
对于肥力低，生病的果树老根，施用em菌液+生物菌肥，可以快速改善，促进新生根系吸收，防治老树病害，减少老树死亡的损失。
3.促进光合作用:
em菌液配合叶面肥一起喷洒，可以使植物叶子肥厚，茂绿，提高植物光合作用，避免减少叶子上的病害，使蔬菜果树长的好，成熟期提前。
4.改善品质 绿色有机：
实验对比表明：利用em菌种植出来的水果蔬菜，口感好，长相品质好，没有药物残留，复合天然有机绿色食品。
5.提高经济效益
使用em菌液种植，可提高产量。粮油作物增产10-20％以上（其中大豆可增产40％以上）；叶菜类增产8-26％以上（块根块茎类增产幅度更大）；瓜果类保花保果率提高40％以上，且单果重、糖度和保鲜能力明显提高；花卉可提前半月开花，花朵更多更艳，花期延长。
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