使用EM菌来进行水产养殖，是现在科学养殖的一条新思路，随着技术的普及，越来越多的人都开始认识EM菌养殖所带来的效益非凡，很多地区，像水产养殖密集的乡镇都已经进行过试点使用，得到的效果都非常不错。
大丰市利用渔业科技入户这一有效平台，大力推广“双机一饵+两菌”的养殖模式（即微孔管增氧机、投饵机、配合饵料、光合细菌和EM菌）。实践证明EM菌在水产养殖中起到十分重要的作用。因EM菌渗入水体后，其EM菌中的有益微生物群体能抑制病原微生物的繁殖和有害物质的生成，调节养殖环境，增加水中溶氧量(氧气)，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类正常生长，保持养殖水体的生态平衡。如将EM菌拌入饵料投喂，直接增强了鱼类的吸收功能和抗病抗逆能力，促进健壮生长。最重要的是EM菌还可以提高水产品的质量，在市场竞争中更具有价格优势。
近年的推广应用中，EM菌主要有以下几方面有点：
一是减少病原微生物和不良藻类、明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，降低发病率，提高成活率。该市白驹镇沿堤村2011年在1600亩虾蟹混养养殖过程中使用EM菌，养殖户反映EM菌原液可使蟹苗成活率提高近一倍。
二是增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多。
三是稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25－50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上，在资源利用起到节约的作用。
四是鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状
五是促进生长，增重率明显提高。该市刘庄镇示范户孙海华去年在技术指导员的指导下，100亩草鱼养殖过程中使用EM菌，成鱼上市比往年提前10－15天，平均亩产提高20%－35%，产卵量增加25%，效益有了较大的提高。
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