无菌室一般是位于微生物实验室内一块区域。面积不宜过大，约 15 -20平方米即可，高 2.5 米左右。无菌室外需要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气净化过滤装置。常规设计制作无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度一般10000级，局部百级（一般是通过超净工作台控制）室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-65%。超净工作台洁净度应达到100级。
无菌室多用于微生物实验室,一般无菌实验室使用超净台进行操作实验，超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过高效过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。有异味或产生不安全气体实验则需要设置通风柜或生物安全柜来保证安全。
无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。无菌室的常规分类：1.二级及三级无菌室符合中华人民共和国卫生行业标准:WS233-2002《微生物和生物医学实验室生物安全通用准则》。
无菌室分类：
1.二级（P2）无菌室为万级、局部百级，符合目前世界通用的美国联邦209E标准。二级无菌室包含高、中、初效过滤系统，小型中央空调系统，层流送风，井式回风。更衣间及风淋室采用人体自动感应系统。
2.各系统技术指标如下：更衣间及操作间送风口风速≥0.3米/秒,风淋室风速≥15米/秒,操作间与环境静压差≥5Pa,系统噪声≤60dB.
3.三级（p3）无菌实验室除具有二级无菌室的特点外,还专门设立了电子互锁门、传递窗门互锁、环氧树脂自流平地面、下水消毒设施。配置二级生物安全柜，实验室及缓冲间均为负压空间，实验间的相对压强为-30Pa—-40Pa，缓冲间的相对压强为-15Pa—-20Pa。
